Los compañeros ninja Naruto Uzumaki y Sakura Haruno se reúnen después de dos años y medio de entrenamiento con el objetivo de recuperar a su amigo Sasuke Uchiha, quien desertó de su aldea para cazar a su hermano. Sin embargo, el camino para llegar hasta Sasuke presenta muchos obstáculos para el joven ninja y sus amigos, cuando deben enfrentarse a una organización criminal: Akatsuki, de la que Itachi Uchiha es parte. Compuesto por nueve ninjas criminales liderados por Pain, Akatsuki se ha propuesto dominar el mundo capturando a las numerosas bestias con cola de los jinchūriki, humanos que poseen a las bestias selladas en su interior. Uno de ellos resulta ser Naruto, el poseedor del Zorro Demonio de Nueve Colas, lo que lo convierte en un objetivo principal de la organización. Mientras tanto, Sasuke forma un equipo de ninjas capaces de rastrear y matar a su hermano, Itachi. Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2 es un juego basado en el anime Naruto: Shippuden , que incluye nueve capítulos que cubren la historia desde el primer episodio hasta el 175. La historia avanza a través de una serie de batallas uno contra uno o en equipo. Las batallas se libran entre ninjas que cargan chakra para realizar jutsu de ataque. Los elementos se pueden usar en la batalla configurándolos en uno de los botones direccionales de antemano. Se puede llamar a los personajes de apoyo para que realicen jutsu, que se dividen en tres categorías: Defensa, Ataque y Equilibrado. El impulso de apoyo se acumula después de suficientes invocaciones de los personajes de apoyo, en cuyo caso se puede realizar un Jutsu definitivo en equipo, que consume una gran cantidad de chakra del personaje del jugador y causa mucho daño al oponente en el proceso. Además de las batallas, hay un segmento de libre movimiento, donde el personaje del jugador puede viajar entre representaciones precisas de las diversas ubicaciones que se muestran en el anime, completando misiones secundarias, recolectando materiales y comprando artículos en las tiendas.